داستان انیمیشن سریالی سامورایی چشم آبی در مورد یک استاد شمشیربازی به نام تاکمیچی هاناگاکی است که برای گرفتن انتقام؛ به صورت مخفیانه زندگی خود را در سپری می‌کند. او در این دوران پر از رمز و راز و مخاطرات، تلاش می‌کند تا از افرادی که به خانواده و مردمش آسیب زده‌اند، انتقامی بگیرد و ...

دو زن که آرزوی مستندسازی دارند، در سال ۲۰۰۳ خود را در توکیوی طاعون‌زده و گرفتار هیولاها می‌بینند.